阿赖耶识（梵文：alaya-vijnana），是唯识宗（法相宗）理论体系中的核心概念，被安立为"第八识"或"根本识"。在唯识学的"八识"体系中，前五识（眼、耳、鼻、舌、身）负责感知，第六意识负责思维判断，第七末那识（manas）负责自我执著，而第八阿赖耶识则是一切心识活动的根基，是一切有为法的根本所依。
唯识宗的根本经典《成唯识论》云：
"由假说我法，有种种相转，彼依识所变。此能变唯三：谓异熟、思量、及了别境识。"
——此处"异熟"即指阿赖耶识，为三种能变识中的第一能变。
阿赖耶识的建立，解决了佛教哲学中一个根本难题：如果没有一个"常一不变"的实体，如何说明业力如何跨越三世（过去、现在、未来）持续作用而不失？阿赖耶识作为"非断非常"的相似相续之流，承担了业力承载与生命轮回的枢纽功能。
阿赖耶识的梵文 alaya 源自词根 √li（附着、停留），加前缀 ā- 构成 ālaya，意为"住所""藏处""隐藏处"。玄奘法师将其译为"藏识"，取其含藏一切种子的根本功能。
ālaya (आलय): "house, dwelling, place of refuge; that in which something is deposited or concealed." —— Monier-Williams Sanskrit Dictionary
《成唯识论》将阿赖耶识的体义开为三重，是为"阿赖耶识三义"：
阿赖耶识在不同经典和论典中有多种名称，每一名称侧重于其某一方面的特征。了解这些异名，有助于全面理解阿赖耶识的多重属性。
| 异名 | 梵文 | 侧重含义 |
|---|---|---|
| 根本识 | mula-vijnana | 一切心识活动的根本所依，前七识皆从阿赖耶识生起 |
| 异熟识 | vipaka-vijnana | 阿赖耶识是过去世善恶业力所感招的"异熟果报体"，强调业果关系 |
| 种子识 | bija-vijnana | 阿赖耶识能执持一切法种子，是诸法生起的因缘体 |
| 阿陀那识 | adana-vijnana | 执持根身、执取结生相续之义，贯穿生命从结胎到死亡的全过程 |
| 心 | citta | 梵文citta有"积集"义，阿赖耶识积集诸法种子，故名为"心" |
| 所知依 | jneya-asraya | 一切所知法的所依体，一切染净诸法皆依此识而成立 |
阿赖耶识与阿陀那识的区分：阿赖耶识侧重"含藏"义，在有学位（尚未达到究竟佛果）之前安立；阿陀那识侧重"执持"义，通于凡圣，即使在佛果位也存在执持净法种子的功能。故《解深密经》说："阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流。"
"种子"（梵文：bija）是唯识学的一个核心概念，指在阿赖耶识中潜藏的、能够生起一切诸法现行活动的潜在功能或力量。《成唯识论》定义种子为："本识中亲生自果功能差别。"种子好比植物的种子，在适当的土壤、水分、阳光等条件下，能生长出特定的植物。同样，阿赖耶识中的种子在因缘和合时，能生起相应的"现行"（具体的心识活动）。
《成唯识论》立"种子六义"来判断某一法是否具备成为"种子"的资格。这六条标准确保了种子理论的严密性和逻辑自洽性：
| 六义 | 梵文 | 详细解释 |
|---|---|---|
| 一、刹那灭 | ksanikatva | 种子体性念念生灭，前后变异，非常住不变。若种子常住不灭，则无法生果；唯其刹那灭，方能刹那刹那地产生新的作用。此义简别"常住不变"的实体（如外道所执的自性、神我等）。 |
| 二、果俱有 | phalasaha-bhāvitva | 种子生现行之时，种子与所生之果（现行法）同时存在、俱有俱灭。现行法生起时，种子并非先灭后生果，而是因果同时，如炷与焰、灯与光。此义简别"异时因果"的说法。 |
| 三、恒随转 | nirantara-anuvrttitva | 种子在阿赖耶识中一类相续，恒时随转，直至转为对治道之前，其作用不曾间断。此义确保业力不会中断，使修行"因"能持续积累直到感"果"。此义简别"有间断"之法。 |
| 四、性决定 | svabhāva-niyatatva | 种子的善恶性质决定其所生现行法的性质——善种生善法，恶种生恶法，无记种生无记法。因果性质一致，不相杂乱。此义简别"因善果恶"或"因恶果善"的混乱。 |
| 五、待众缘 | pratyaya-apeksatva | 种子虽具生果之功能，但不能单独生起现行，必须等待其他助缘（增上缘、等无间缘、所缘缘等）的和合。此义说明种子生果需要因缘和合，而非自性独存。此义简别"自然因"和"一因论"。 |
| 六、引自果 | svaphala-danatva | 每一种子只能引生自身类别的果法——色法种子生色法，心法种子生心法。种子各自引生自果，功能各别，不相紊乱。此义简别"一因生一切果"的论调。 |
种子六义形成了一个严密的逻辑体系：
这六义共同确保了种子理论既不落入"常"（不承认有不变实体），也不落入"断"（不承认有虚无断灭），符合佛教中道缘起的根本立场。
"熏习"（梵文：vasana，亦译为"习气"），是种子产生的根本途径。所谓"熏"，如同衣服被香料熏染，衣服本身无香，但经过香料熏染后便带有香气。同理，阿赖耶识本无善恶染净之别，但经过前七转识的反复活动，便被"熏"上相应的习气，形成种子。
种子与熏习的相互作用构成"种子生现行，现行熏种子"的循环：
这种双向运动是阿赖耶识学说的核心机制，也是唯识修道理论的基础。
作为能"熏"的法（主要是前七转识），必须具足四个条件：
| 能熏四义 | 说明 | 简别对象 |
|---|---|---|
| 一、有生灭 | 能熏之法必须是有为生灭之法，念念变化，方能在所熏识中留下习气 | 简别无为法（如虚空、真如）不能为能熏 |
| 二、有胜用 | 能熏之法必须具有强盛的势用或作用，才能熏习种子 | 简别异熟无记心等势用微弱之法 |
| 三、有增减 | 能熏之法的作用有增强或减弱的可能性，才能产生熏习效果 | 简别佛果位圆满无增减之法 |
| 四、与所熏和合而转 | 能熏与所熏必须同时同处，不相分离，才能完成熏习 | 简别不同时、不同界别之法 |
作为被前七转识所"熏"的阿赖耶识，其本身具有"所熏"的功能，须具足四义：
| 所熏四义 | 说明 | 简别对象 |
|---|---|---|
| 一、坚住性 | 所熏之法必须一类相续，持续稳定，才能接受熏习而保持习气不失 | 简别前七识有间断，不能成为所熏 |
| 二、无记性 | 所熏之法的体性必须是非善非恶的无记性，才能平等接受善恶之熏 | 简别善法不受恶熏，恶法不受善熏 |
| 三、可熏性 | 所熏之法必须独立自在、不坚密而能受熏 | 简别真如（无为、坚密）不能受熏 |
| 四、与能熏共和合性 | 所熏必须与能熏同时同处，和合相应 | 简别不同时、不同处之法 |
按种子的性质和来源，可分为两大类：
名言种子与业种子的关系是：名言种子是"亲因缘"，是诸法自体生起的直接原因；业种子是"增上缘"，是推动名言种子感果的辅助力量。二者相依相成，共同构成生命的流转现象。
按种子的染净性质，可分为：
唯识宗内部围绕"无漏种子的来源"存在两种主要学说：
"赖耶缘起"（alaya-pratityasamutpada）是唯识宗对佛教根本教义"缘起法"的独特诠释。不同于原始佛教的"业感缘起"（十二因缘）和中观宗的"性空缘起"，赖耶缘起将缘起的根源追溯到阿赖耶识及其种子活动。
赖耶缘起的核心公式是：
种子（潜在功能） → 待众缘和合 → 生现行（具体心识活动）
现行（心识活动） → 同时熏习 → 种子（潜在习气）
种子与现行互为因果，辗转相生，无始以来，相续不断。
这种"种子生现行，现行熏种子"的因果循环，构成了生命活动的全部内容。阿赖耶识作为这种循环的承载者，既不是常住不变的灵魂，也不是断灭虚无的空无，而是在"非断非常"的缘起流中持续作用的心识之流。
"由摄藏诸法，一切种子识，故名阿赖耶，胜者我开示。"
——《大乘庄严经论》
如来藏（tathagata-garbha）思想主张"一切众生皆具如来智慧德相"，认为众生的心识深处本具清净的如来法身，只是被客尘烦恼所覆盖。而阿赖耶识在唯识正统中则被定义为"染净和合"——其中既有有漏染污种子，也有无漏清净种子。
在中国佛教思想史上，关于阿赖耶识与如来藏的关系存在不同见解：
"甚深如来藏，而与七识俱。执著二种生，了知则远离。"
"如来藏名识藏，与七识俱生。……此如来藏识藏，一切声闻缘觉心想所见，虽自性清净，客尘所覆故犹见不净。"
《楞伽经》的这一段经文，可以说是阿赖耶识（识藏、藏识）与如来藏交涉关系的最经典表述——"自性清净"而"客尘所覆"，这正是中国佛教"如来藏缘起"与"赖耶缘起"会通的经典依据所在。