在孙思邈之前，针灸取穴主要依据《黄帝内经》《明堂孔穴》等经典文献所记载的固定腧穴体系，穴位的定位、名称、主治皆有严格规定。然而，孙思邈在长期的临床实践中敏锐地发现了一个被前人忽视的现象：许多患者身上存在一些特定痛点，这些痛点虽不在经典经络循行路线上，也不属于已知的腧穴，但按压或针刺这些部位时，患者往往能获得显著的疗效。
这一发现源于孙思邈对临床细节的极致观察。他在《千金要方》中详细记录了这一过程：当患者诉说某处疼痛时，他尝试用手按压患者身体各处寻找最敏感的反应点。当按压到某个特定部位时，患者或因疼痛而皱眉，或因舒适而放松，这种即时的身体反应让他意识到——这些"非经非穴"的反应点，其临床价值绝不亚于经典腧穴。
孙思邈将这类反应点命名为"阿是穴"。这个看似朴素的名称实则富含深意——"阿"为语气词，是古人因疼痛或舒适而发出的感叹声；"是"意为"这里"。当医生按压到反应点时，患者惊呼"啊，就是这里！"——既是痛点所在，也是治疗的最佳进针处。"阿是穴"的定名，生动地反映了临床实践中医患互动的真实场景。
这一概念的提出，是对传统腧穴理论的重要补充和突破。经典腧穴体系固然严谨，但人体疾病的反应点千变万化，远非固定穴位可以穷尽。阿是穴理论的创立，为针灸临床提供了极大的灵活性和实用性，使医生能够根据患者的具体病情"随证取穴"，大大拓展了针灸的治疗范围。
《千金要方》卷二十九·针灸上曰：
"有阿是之法，言人有病痛，即令捏其上，若里当其处，不问孔穴，即得便快或痛，即云阿是。灸刺皆验，故曰阿是穴也。"
又曰："吴、蜀多行灸法，有阿是之法。凡人病痛，当掐其上，不问孔穴，便快即灸之，亦曰天应穴。"
《千金翼方》卷二十六补充云："诸病皆可灸，阿是之法，不问孔穴，痛处即是。"
孙思邈在《千金要方》中讲解阿是穴的取穴方法时说："有一种叫作'阿是'的取穴方法，说的是当人有病痛时，医生用手捏按患者的身体。如果（捏按的）位置正好是病灶所在，那么不管它是不是已知的经络孔穴，患者都会立刻感到舒适（快）或者疼痛。患者发出'阿——是这里'的反应，这个位置就称为阿是穴。无论是艾灸还是针刺，这个位置都会有显著疗效。"
他又在另一处补充说："在吴地（今江苏一带）和蜀地（今四川一带）广泛使用灸法，其中就有阿是这种取穴方法。凡是人有病痛，就掐按其疼痛部位，不必拘泥于固定的经络孔穴，只要患者感到舒适就可以施灸。这种方法也称'天应穴'——上天感应、随病而应之意。"
孙思邈的弟子在《千金翼方》中进一步总结道："各种疾病都可以用灸法，阿是穴的方法就是不拘泥于固定腧穴，疼痛所在的部位就是治疗的部位。"
"阿是之法"的核心是以患者的主观反应作为取穴依据。孙思邈描述了两个关键判断标准：
这两个标准看似简单，却包含了深刻的中医辨证思维——同样的按压手法，患者的"快"与"痛"反映了不同的病理状态，对应不同的治疗手段（灸或刺）。这种以患者即时反应为导向的诊疗方法，是中医"辨证论治"精神的生动体现。
孙思邈阿是穴理论并非凭空而来，其学术根源可上溯至《黄帝内经》。《灵枢·经筋》篇明确提出了"以痛为腧"的取穴原则，专治经筋病症——以疼痛处作为施治的腧穴，针刺或艾灸痛处以疏通经筋气血。此外，《灵枢·背腧》篇记载的"按其处，应在中而痛解，乃其腧也"，也描述了通过按压寻找反应点的取穴方法。
但需要注意的是，《内经》中的"以痛为腧"主要针对经筋病（相当于现代医学的肌肉筋膜疾病），适用范围较窄。孙思邈的创新在于：他将这一原则从经筋病扩展到了所有疾病的诊疗中。"不问孔穴，痛处即是"——孙思邈将"以痛为腧"从一种特定病症的取穴方法，升华为一种普遍的针灸诊疗原则。这种"由特殊到一般"的理论升华，是孙思邈对中医学的重大贡献。
从孙思邈的记载可以还原出他临床发现阿是穴的完整思维过程：
这是一个典型的"临床观察→假说形成→实践验证→理论总结"的科学研究过程，充分体现了孙思邈严谨的科学精神。
阿是穴与传统十四经穴、经外奇穴的根本区别在于其定位的"动态性"和存在的"临时性"：
后世医家将阿是穴也称为"天应穴"（取"天应之穴，随病而现"之意）或"不定穴"（取其位置不固定之意）。这种动态取穴理念，突破了固定腧穴体系的局限，为针灸临床提供了极大的灵活性。
孙思邈强调"即令捏其上"——"捏"字包含了具体的操作手法要求：不是轻触，也不是重按，而是用拇食指指腹适当用力、上下捏按。力度以患者能感受并做出反应为度。手法要点：
孙思邈提出"快"与"痛"两种反应：
阿是穴探查并非孤立操作，而是应与望、闻、问、切四诊结合：
临床意义：阿是穴的探查方法，实质上是中医诊断学中"按诊"的深化和具体化。它将抽象的脏腑经络辨证，转化为可以通过"手"直接感知、通过患者的"口"即时反馈的物理检查方法。这种"手口并用"的诊断模式，在缺乏现代检查设备的古代，是一种极为高效的临床诊断手段。
从中医理论看，阿是穴治疗疾病的原理复杂而深刻：
阿是穴理论创立后，对后世针灸学产生了深远影响：
孙思邈之后，历代医家对阿是穴理论各有发挥：
20世纪中叶，美国临床医生珍妮特·Travell（珍妮特·特拉维尔）和David Simons（大卫·西蒙斯）系统研究了骨骼肌中的"触发点"（trigger point）现象，建立了肌筋膜疼痛触发点理论。该理论的核心观点是：骨骼肌中存在的过敏化结节，按压时可引发局部疼痛和远处牵涉痛，刺激这些触发点可以有效治疗肌筋膜疼痛综合征。这一理论与1300多年前孙思邈提出的阿是穴理论惊人相似。
现代触发点研究通过组织病理学检查证实：触发点区域的肌纤维处于持续收缩状态，局部代谢异常，炎症因子浓度升高，微循环障碍。针刺触发点时产生的"局部抽搐反应"（local twitch response），与孙思邈描述的"快"和"痛"反应具有高度一致性。这种跨越时空的理论共鸣，提示中医阿是穴理论可能蕴含着尚未被充分揭示的神经生物学机制。
从现代神经科学角度看，阿是穴的疗效可能涉及以下机制：
阿是穴理论对现代针灸研究提出了重要挑战和启示。长期以来，"穴位特异性"研究是针灸科学化的核心课题，大量研究试图证明特定穴位具有特定的治疗效应。但阿是穴的存在提醒我们：穴位的本质可能不在于某个固定的解剖位置，而在于其对特定病理状态的"反应性"。这种反应性是动态的、随病情变化的。如果只研究静态的穴位解剖位置而忽略其动态病理反应特性，可能无法真正揭示针灸的作用机制。
此外，阿是穴理论提示我们重新思考针灸临床试验的设计。在经典的随机对照试验中，常将"非穴位"（距离经典穴位一定距离的部位）作为安慰剂对照。但按照阿是穴理论，这些"非穴位"如果恰好是患者的反应点（痛点），则同样具有治疗作用。因此，使用"非穴位"作为对照的方法学需要重新审视。
当代中医在阿是穴理论的基础上进行了广泛拓展：