《灵》、《素》为医家正传，后世张仲景、王叔和、孙思邈、孙兆、初虞世、朱肱，皆不师《内经》，惟采本草诸书，各以己见自成一家之技，治小疾则可，治大病不效矣。至皇甫士安、巢元方、王冰等，虽学《素问》，而不得方学之传，亦根据前六子方法而行。此书从古至今，未得通行。余业医四世，皆得此法之力，而人世未深信，故难梓行。余初学医，尽博六子之书，以为医之理尽矣。然调治小疾，百发百中，临大病百无二三，每怅己术之不精也。后遇关中老医，叩余所学，笑曰：汝学非是岐黄正派，特小技尔。只能调小疴，俟其自愈，岂能起大病哉！余即从而师之，三年，师以法授我，反复参详，遂与《内经》合旨，由兹问世，百发百中，再观六子书，真儿戏耳。但师授固简而当，意欲梓行，恐有未尽。遂将追随先师所历之法，与己四十余稔之所治验，集成医流正道，以救万世夭枉。后人得此，苟能日夜勤求，自能洞贯其理，以见余言非谬。至若贤良忠正，孝子仁人，再为广布，俾天下后世，上可以救君亲，下可以济斯民。余因恐遭天谴，不敢自私，刊刻流传，愿仁者勿拘成见而屑视之，斯幸矣。宋绍兴十六年武翼郎前开州巡检窦材谨序。
【第一段：批判时医，揭橥宗旨】
《灵枢》和《素问》是医学的正宗传承。后世如张仲景、王叔和、孙思邈、孙兆、初虞世、朱肱等人，都不以《内经》为师，只摘取各类本草书籍的内容，各自凭自己的见解创立一家之说。用他们的方法治疗小病还可以，治疗大病就无效了。至于皇甫谧（士安）、巢元方、王冰等人，虽然学习《素问》，却没有得到方剂学方面的真传，也还是依照前面六位医家的方法行事。这部书（指《扁鹊心书》所传的医术）从古至今，一直未能广泛流行。
【第二段：家学渊源，困而求师】
我窦氏行医四代，都得益于这一医术的精髓，但世间之人对此深信不疑者甚少，所以难以刊印流传。我初学医时，广泛研读上述六位医家的著作，以为医学的道理尽在其中了。然而用他们的方法调理小病，百发百中，可一旦面对大病，一百个里面治不好两三个，常常惆怅自己的医术不够精湛。后来遇到一位关中老医，问及我所学的医理，他笑着说："你所学的并非岐黄正统，只不过是小技罢了。只能调理一些小病，等它自己痊愈，哪里能够治愈大病呢！"于是我立即拜他为师，跟从三年，师父将方法传授给我。我反复参详推究，发现与《内经》的旨意完全吻合。从此悬壶济世，百发百中。再回头看六位医家的著作，简直如同儿戏一般。
【第三段：著书缘起，济世宏愿】
不过师父所传固然简约得当，我想将其刊印出来，又担心还有不够详尽之处。于是将追随先师所经历的治法，与自己四十余年的临床治验，汇编成医学的正道，用以拯救天下万世之人的夭折枉死。后人得到此书，如果能日夜勤奋钻研，自然能够洞彻贯通其中的道理，从而明白我所说的并非虚妄。至于那些贤良忠正之士、孝子仁人，若能再广为传播，使天下后世之人，对上可以救治君亲，对下可以救济百姓，那就更好了。我因恐遭天谴，不敢私自藏匿，故将此书刊刻流传。希望仁人君子不要拘泥于成见而轻视此书，那就是我的幸运了。宋绍兴十六年，武翼郎、前开州巡检窦材谨序。
窦材这篇自序，实为《扁鹊心书》全书之纲领，集中体现了他的学术渊源与核心立场。全文以"批判时医—困而求师—得法悟道—著书济世"四个层次展开，字里行间透露出强烈的自信与使命感。
学术批判的深层意涵：窦材之所以严厉批判仲景、叔和、思邈等前代大家，并非出于狂妄，而是源于对《内经》正统的坚守。他认为自仲景以降，医家多偏离《内经》之本旨，重药轻灸、重寒凉轻扶阳，导致大病不治。窦材并非全盘否定诸家，而是指出其局限性：治小疾可，起大病则不足。这一批判的实质，是倡导回归《内经》以阳气为本的核心理念，强调"扶阳"与"灸法"在大病救治中的不可替代性。
从"百无二三"到"百发百中"的蜕变：窦材自述初学六子之书，"临大病百无二三"，道出了当时医学界对危重症治疗的普遍困境。后遇关中老医指点，方悟得岐黄正派。这一转变的过程，恰是《扁鹊心书》学术思想的形成轨迹——从杂学诸家到回归《内经》，从汤药小技到灸法丹附。文中"再观六子书，真儿戏耳"一语，是窦材悟道后的真实感慨，而非单纯贬低前人。
"四十余稔"的经验积淀：窦材自言将追随先师所历之法与"己四十余稔之所治验"汇编成书，说明此书并非空谈理论，而是凝聚了数十年的临床实践。他以"救万世夭枉"为著书初心，强调此书非为炫耀己技，而是为了救治那些本不应当早逝的病人。这种济世情怀，贯穿全书始终。
文中"此书"的双重指涉：序言中"此书从古至今，未得通行"之"此书"，既指扁鹊一脉秘传的心法体系，也暗指窦材即将刊行的《扁鹊心书》本身。窦材自视为扁鹊医学的正统传人（后于"三世扁鹊"篇中明确自称第三扁鹊），其著书目的就是要使这一秘传正道得以广布天下。
窦材在序言中对前代医家的批判，在后世引发了广泛争议。理解这一批判，需要把握两点：其一，窦材批判的核心并非针对某位医家个人，而是针对当时医界普遍存在的"重药轻灸""喜寒畏热"的风气；其二，窦材所说的"大病"特指那些阳气衰微、阴寒内盛的危重症（如阴疽、中风、虚劳等），对此类病证，艾灸与扶阳药物确有其独到优势。现代中医临床实践中，对于慢性虚寒性疾病和阳气衰微的危重症患者，适当运用灸法确有奇效，这反过来印证了窦材学术思想的价值。因此，对待窦材的批判性论述，宜取其精义而不泥其言辞，重在理解扶阳思想的临床指导意义。
序言虽然是一篇纲领性的自序，并未直接论述具体病症的治疗方法，但其学术思想对临床具有重要的指导意义。窦材在序言中指出的"临大病百无二三"的困境及其解决路径，为后世医家提供了明确的临床方向。
清代医家王琦在《医林指月》中评价窦材："材之书，大意以灼艾、丹药、附子为三大纲，其于《内经》扶阳之义，可谓得其要领。然其诋訾仲景太过，未免失之偏激，读者当取其长而弃其短。"
近代医学家张山雷在《脏腑药式补正》中言："窦氏之书，专主热药，力辟寒凉，虽不免矫枉过正，然实深得《内经》'阳气者若天与日'之旨，于阴盛阳微之证，多有卓见。"
当代中医名家李可老中医曾言："《扁鹊心书》乃中医扶阳派之圭臬，窦材氏敢于批判时弊、倡言扶阳，实为仲景以后第一人。我临床治疗危急重症，常从窦氏灸法中汲取灵感，关元灸法在救治心衰中屡建奇功。"
《四库全书总目提要》对《扁鹊心书》的评论："旧本题宋窦材撰……其书专主灸法，以灼艾为第一，丹药次之，附子又次之。其说颇偏，然亦有所见。"