休息痢者，乃下痢时发时止，数年不愈。此因下痢之时，不曾止涩，或妄用下药，致有伏邪，留滞肠间，不得尽去。或灸命关、关元，各三百壮，服金液丹、四神丹，或用补中益气药，并灸命关、关元，无不愈者。
盖命关为脾之募，关元为小肠之募，脾主运化，小肠主分别清浊。二穴皆属任脉，灸之则阳气充足，脾胃健运，清升浊降，伏邪自去，痢疾自止。
休息痢这种病，表现为痢疾发作一段时间后好转，过一段时间又复发，这样反复数年都不能痊愈。这是因为当初患痢疾的时候，没有及时止涩收敛，或者错误地使用了泻下类药物，导致病邪潜伏在体内，留滞于肠道之间，没有被彻底清除。
治疗方法上，应当艾灸命关和关元两穴，各三百壮，同时服用金液丹、四神丹，或者服用补中益气的药物，配合艾灸命关、关元，没有治不好的。
为什么取这两个穴位呢？命关是脾脏的募穴，关元是小肠的募穴。脾脏主管运化水谷精微，小肠主管分别清浊（将食物中的清轻物质和重浊物质分离开）。这两个穴位都属于任脉，艾灸它们可以使阳气充足，脾胃运化功能健旺，清阳上升、浊阴下降，潜伏的病邪自然祛除，痢疾自然停止。
窦材在《扁鹊心书》中对休息痢的论述，充分体现了他重视阳气、善用灸法的学术特点。休息痢相当于现代医学中的慢性复发性痢疾或炎症性肠病（如溃疡性结肠炎），其特点是病程漫长、反复发作、迁延难愈。
窦材认为，休息痢的根本病机在于"伏邪留滞"。初治不当——或未能及时止涩，或滥用攻下——导致病邪未能彻底清除，深伏肠道，遇机体正气不足之时，便再次发作。这种认识深刻揭示了慢性痢疾"正气愈虚、伏邪愈深"的恶性循环机制。
在治疗上，窦材强调灸法补阳、扶正祛邪的思路。他认为，命关（即脾募章门穴）与关元（小肠募穴）同为任脉要穴，灸之能大补阳气。阳气充足则脾胃运化有权，清者升、浊者降，肠道功能恢复正常，潜伏之邪自然无所依附。他还辅以金液丹、四神丹等温补脾肾之药，或补中益气药物，内外兼治，标本兼顾。
窦材治疗休息痢的思路，与其"阳为主"的学术思想一脉相承。他认为任何慢性疾病迁延不愈，其根本都在于阳气不足，正气无法驱邪外出。灸法之所以被窦材推崇备至，是因为它以最直接的方式补充阳气，不经过脾胃运化和脏腑转输，直补先天元阳。
命关（章门）为脾之募穴，五脏之会，灸之可健脾益气，运化水湿；关元为小肠募穴，足三阴与任脉之会，灸之可温补下元，分清泌浊。两穴同灸，上健脾运、下温肠腑，全面恢复消化系统的正常功能，使伏邪无藏身之处。
值得注意的是，窦材强调"各三百壮"，说明治疗慢性沉疴需要大量艾灸，绝非三五壮所能奏效。这种重灸法与其"大病宜灸"的思想完全一致。
休息痢在临床中对应多种慢性肠道疾病，尤其是反复发作的痢疾、溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠易激综合征等。窦材提出的灸法治疗思路对现代临床仍有重要指导意义。
"休息痢者，愈后数日又发，痢下时作时止，积年累月不愈。其因有二：一因初起失于疏通，邪未尽去；二因过用寒凉，损伤脾胃。治宜温养脾气，佐以调气。灸章门、气海、足三里。"——王肯堂《证治准绳》
"下痢匝时，时发时止，久久不愈者，名曰休息痢。多因兜涩太早，积热未清，或过用寒凉，损伤阳气。治须温中健脾，益气升阳，佐以清化。"——张介宾《景岳全书》
"窦氏治休息痢以灸命关、关元为主，其意不在止痢，而在补阳。阳气充则伏邪自化，痢不治而自止。此千古不传之秘。"——清代医家评窦材