疟疾，脉弦，寒热往来，发作有时，胸胁苦满，嘿嘿不欲饮食，心烦喜呕，口苦，咽干，目眩者，小柴胡汤主之。若腹中痛者，去黄芩，加芍药；若胁下痞硬者，去大枣，加牡蛎；若心下悸，小便不利者，去黄芩，加茯苓；若不渴，外有微热者，去人参，加桂枝，温覆微汗愈；若咳者，去人参、大枣、生姜，加五味子、干姜。
疟疾病人，出现脉象弦，恶寒发热交替发作（先寒后热，或先热后寒，发作有一定时间规律），胸胁部胀满不适，精神萎靡不想吃东西，心中烦躁、容易恶心呕吐，口苦，咽喉干燥，头目眩晕的，用小柴胡汤治疗。
如果兼有腹部疼痛的，去黄芩，加芍药以缓急止痛；如果胁下痞塞硬满的，去大枣，加牡蛎以软坚散结；如果心下悸动不安、小便不利的，去黄芩，加茯苓以利水宁心；如果不口渴、外有轻微发热的，去人参，加桂枝，覆被取微汗即可痊愈；如果咳嗽的，去人参、大枣、生姜，加五味子、干姜以温肺止咳。
本条论述疟疾邪在少阳的证治，以小柴胡汤和解少阳为主法，并详列随证加减之法，体现了中医辨证论治的灵活性与精确性。
本条系统论述疟疾之少阳证的证候表现与小柴胡汤的治疗运用，核心在于"疟邪伏于少阳，当从少阳和解"的辨治思想。吴鞠通在本条中明确指出，疟疾发作时出现脉弦、寒热往来、发作有时、胸胁苦满等证，正是邪气伏于少阳经的典型表现。少阳居半表半里之间，为三阳之枢，疟邪伏藏于此，正邪交争则寒热发作，休作有时；少阳经循行胸胁，邪滞经络则胸胁苦满；胆热上蒸则口苦、咽干、目眩；胆热犯胃则嘿嘿不欲饮食、心烦喜呕。
小柴胡汤为和解少阳之主方：方中柴胡气质轻清，能疏解少阳郁滞之邪，引领邪气从半表半里而外出；黄芩苦寒，清泄胆腑郁热；二药合用，一散一清，使少阳之邪从表里两解。人参、甘草、大枣益气和中，扶正以助驱邪，使邪气不内传；生姜、半夏降逆和胃、止呕化痰。全方寒温并用、攻补兼施，为和解少阳之经典方剂。
本条所列随证加减法尤为精要，体现了吴鞠通师法仲景而灵活变通的学术思想：
吴鞠通在《温病条辨》中焦篇论述疟疾，其学术渊源自《伤寒论》少阳病及《金匮要略》疟病篇而来。伤寒少阳证为外感寒邪传入少阳，其证以口苦、咽干、目眩、往来寒热、胸胁苦满、默默不欲饮食、心烦喜呕为主，小柴胡汤为正方。温病疟疾则是在温病学框架下，将疟疾视为感受温热时邪、伏于少阳膜原而发病。吴鞠通特别强调疟疾的发作有时、寒热往来的特征，认为其病机关键在少阳枢机不利、正邪交争于半表半里。与伤寒少阳证相比，温病疟疾更注重"时发时止"的时间规律性，以及伏邪发病的特点，在治疗上虽均以小柴胡汤为主方，但更强调因人、因时、因证而灵活加减变通。
小柴胡汤治疗疟疾在中医临床中应用极为广泛，尤其适用于间日疟、三日疟以及部分现代医学诊断的发热性疾病，表现为寒热往来、定时发作者。吴鞠通在本条中所列证候及加减法，为后世临床提供了系统的辨治框架。
现代临床应用主要体现在以下几个方面：
患者，男，35岁。发热恶寒交替发作3日，间日一发，发时先寒战约半小时，继而高热至39.5℃，持续4-5小时后汗出热退。发作时伴头痛、口苦、胁下痞满、恶心欲吐。舌红苔薄黄，脉弦数。实验室检查：血涂片找到间日疟原虫。
辨证为疟邪伏于少阳，治以和解少阳、截疟退热。方用小柴胡汤加减：柴胡18g、黄芩12g、法半夏12g、党参15g、甘草6g、生姜3片、大枣5枚、常山6g、青蒿15g。于疟发前2小时服药。服2剂后寒热发作减轻，5剂后诸症消失，血涂片复查阴性，随访1月未复发。
吴鞠通自注："疟疾，脉弦，寒热往来，发作有时者，邪在少阳也。少阳为枢，主半表半里，疟邪伏匿于此，正邪分争，故寒热往来而休作有时。小柴胡汤为少阳正治之方，和解表里，疏利枢机。其加减诸法，乃随其兼证而为之变通，非可执一而不化也。"
叶天士曰："疟邪在少阳，宜从少阳和解。小柴胡汤一方，乃治疟之祖方，但须审其兼夹而加减之。若但热不寒者，白虎汤证也；但寒不热者，柴胡桂姜汤证也；不可一例以小柴胡汤统治。"
王孟英按："鞠通此条论疟疾少阳证，取法仲景而理益明析。疟证虽多，不出少阳一经，但须分其兼夹而治之。小柴胡汤为少阳正治，其加减诸法尤宜细玩——随证变法而不离和解宗旨，此乃活法也。"