下利便脓血，腹痛，小便不利，黄连阿胶汤主之。
黄连阿胶汤方（共五味）：
黄连 三两，黄芩 二两，白芍 二两，阿胶 三两，鸡子黄 三枚。
上五味，以水六升，先煮黄连、黄芩、白芍三味，取二升，去滓，纳阿胶烊尽，再纳鸡子黄，搅令相得，分温三服。
病人下痢，大便中夹有脓血，腹部疼痛，同时伴有小便不利的症状，应当用黄连阿胶汤治疗。
黄连阿胶汤的煎服方法：取黄连三两、黄芩二两、白芍二两、阿胶三两、鸡子黄三枚。以上五味药，用六升水先煮黄连、黄芩、白芍三味药，煮至药液剩二升时，去掉药渣，将阿胶放入药液中烊化溶解，再放入鸡子黄，搅拌均匀，分三次温服。
本条论述湿热痢疾迁延不愈、损伤阴液、湿热未尽之证治。痢疾一证，发于中焦脾胃与肠腑，初起多由湿热疫毒壅滞肠道、气血凝滞所致。若痢疾日久不愈，一方面湿热之邪未尽，仍见下利脓血、腹痛；另一方面，下利日久耗伤阴液，肠道失于滋润，加之湿热阻滞气机，膀胱气化不利，故小便亦不畅。此证属于阴虚与湿热并见的虚实夹杂证，单纯清热燥湿则更伤其阴，单纯滋阴则恐恋湿助邪，故吴鞠通立黄连阿胶汤，苦以清热燥湿、甘以滋阴养血，两擅其功。
本证的核心病机可概括为"湿热未尽而阴血已伤"。痢疾初起多属实证、热证，湿热壅滞肠道，气血瘀滞，化为脓血。若治疗不当或迁延不愈，必耗伤阴血。具体而言：
本条中"小便不利"有三重病机含义：其一，湿热阻滞下焦，气机不畅，膀胱气化失司，故小便不利；其二，阴液耗伤，津液亏乏，小便化源不足；其三，痢疾下利频作，津液偏渗于大肠，小肠泌别清浊功能失常，故小便短少。三者共同导致小便不利，而小便不利反过来又可加重湿热的停留——小便是湿热外出的重要途径之一，小便不畅则湿热无路可出。因此，治疗中通过养阴增液、清利湿热来恢复小便通利，是给邪以出路的重要途径。
黄连阿胶汤原出自《伤寒论·少阴病篇》，本为治疗"少阴病，得之二三日以上，心中烦，不得卧"而设。吴鞠通取其方义而移用于痢疾阴虚证，体现了"异病同治"的思想。但吴氏在使用中有所化裁——去除了原方中可能伤正的药物，保留了核心的清滋配伍结构。
| 药物 | 用量 | 功效 | 方义 |
|---|---|---|---|
| 黄连 | 三两 | 清热燥湿，泻火解毒 | 君药。味苦性寒，直入中焦肠胃，清湿热、解热毒，为治疗痢疾之要药。针对湿热未尽之病机 |
| 黄芩 | 二两 | 清热燥湿，泻火止血 | 臣药。助黄连清热燥湿，兼清肺与大肠之热。与黄连相配，苦寒之性更强，直达肠腑 |
| 白芍 | 二两 | 养血柔肝，缓急止痛 | 臣药。养血和营，缓解腹部挛急疼痛；兼能敛阴和血，防止苦寒药进一步伤阴 |
| 阿胶 | 三两 | 滋阴养血，止血润燥 | 佐药。填补已伤之阴血，润养肠道；兼能止血，对脓血便有治疗作用 |
| 鸡子黄 | 三枚 | 滋阴润燥，养血宁心 | 使药。血肉有情之品，滋养心肾之阴，兼以安神。使全方清热而不伤阴，滋阴而不恋邪 |
吴鞠通黄连阿胶汤源于仲景，但有重要区别，需加以辨析：
吴鞠通将仲景的黄连阿胶汤从少阴心烦不寐证移至中焦痢疾证，是对经方应用的创造性发挥。痢疾一证，在《温病条辨》中焦篇中占了很大篇幅（第98条至第119条），吴鞠通对痢疾的辨治体系非常完备——从表证的败毒散、湿热的白头翁汤与芍药汤、寒湿的理中汤、虚寒的桃花汤与养脏汤，到阴虚的黄连阿胶汤与驻车丸，形成了一套完整的痢疾辨证论治体系。本条黄连阿胶汤证正处于"痢疾伤阴"的病理环节，上承湿热痢（实证），下启虚寒痢（虚证），是虚实转化过程中的关键证型。吴鞠通在自注中说："此方本为少阴热化之证而设，然痢证伤阴，湿热未尽者，亦可用之。"可见其善用经方、灵活化裁的学术风格。
黄连阿胶汤在临床上主要应用于痢疾后期、阴虚湿热未尽之证。凡属湿热未尽而阴血已伤者，均可辨证使用。现代临床将其拓展应用于多种消化系统疾病伴阴虚表现者。
吴鞠通自注："下利便脓血，湿热之邪未尽也；腹痛，气机不利也；小便不利，阴液已伤也。以黄连阿胶汤清热养阴，苦甘并进，为阴虚湿热下利之正法。"
王孟英《温热经纬》评注："痢证伤阴，最为难治。养阴则碍湿，燥湿则伤阴。吴氏此法，以黄连、黄芩燥湿清热，阿胶、鸡子黄滋阴养血，白芍敛阴和营，并行不悖。然必审其舌绛而苔黄腻者，方为合剂。"
叶霖《温病条辨评注》："黄连阿胶汤，仲景治少阴热化之方也。吴氏用治痢证，盖取其清心火以存肾水，兼清肠胃之热。痢证虽在肠胃，然久痢必伤阴，阴伤则心火自炎，故以本方交通心肾，兼清湿热，法从《伤寒论》出，而用则变通矣。"
痢疾之辨治，吴鞠通在《温病条辨》中焦篇中论述极详，自第98条至第119条凡22条，涵盖了表、里、寒、热、虚、实、气、血各个方面。本条黄连阿胶汤证处于湿热痢与虚寒痢之间，是痢疾从实转虚的关键环节。吴鞠通在此处借用仲景黄连阿胶汤，取苦以坚阴、甘以缓急之法，制方精妙。后世医家对此方多有发挥，认为本方不仅可治阴虚痢疾，对于湿热痢疾过用苦寒而导致阴伤、湿热未净者，最为相宜。另有医家将此方用于妊娠痢疾，认为阿胶、鸡子黄有安胎之效，一药两用，堪称妙法。