温疟者，阴气先伤，又因于暑，阳气独发也。骨节疼烦，时呕，其脉如平，但热不寒，名曰温疟，白虎加桂枝汤主之。
但热不寒，或微寒多热，舌干口渴，此乃阴气先伤，阳气独发，名曰瘅疟，五汁饮主之。
舌白渴饮，咳嗽频仍，寒从背起，伏暑所致，名曰肺疟，杏仁汤主之。
热多昏狂，谵语烦渴，舌赤中黄，脉弱而数，名曰心疟，加减银翘散主之；兼秽，舌浊口气重者，安宫牛黄丸主之。
温疟总纲：温疟这种疾病，是由于人体阴液先已耗伤，又感受了暑邪，导致阳气独亢而发病。
温疟主证（白虎加桂枝汤证）：患者感到骨节疼痛烦扰，时常恶心呕吐，脉象看起来与常人相似（不显浮洪滑数等典型热象），但只发热而不恶寒，这种病证叫作温疟，用白虎加桂枝汤治疗。
瘅疟（五汁饮证）：单纯发热而不恶寒，或者轻微恶寒而发热较重，舌头干燥、口中干渴，这是阴气先已损伤、阳气独亢所致，名叫瘅疟（温疟的重证，阴伤更甚），用五汁饮治疗。
肺疟（杏仁汤证）：舌苔白，口渴欲饮，咳嗽频繁发作，寒冷从背部开始，这是由于伏暑所致，名叫肺疟（温疟之邪在肺），用杏仁汤治疗。
心疟（加减银翘散/安宫牛黄丸证）：发热重，出现神昏狂躁、胡言乱语、烦躁口渴，舌色红赤、舌苔中央发黄，脉搏细弱而数，名叫心疟（温疟热陷心包），用加减银翘散治疗；如果兼有秽浊之气，舌苔浊腻、口中气臭重的，用安宫牛黄丸治疗。
吴鞠通在上焦篇开篇即定义："温疟者，阴气先伤，又因于暑，阳气独发也。"这揭示了温疟的核心病机有二：一是内因——阴气先伤，患者平素阴液不足，或房劳、久病伤阴，或津亏血少；二是外因——感受暑邪，暑为阳邪，与体内之热相合，导致阳气独亢。阴不能制阳，故"但热不寒"。这与《金匮要略》"阴气先伤，阳气独发"一脉相承，但吴鞠通更明确地将温疟归入温病范畴，与伤寒疟证区分开来。
"骨节疼烦，时呕，其脉如平，但热不寒"——此乃温疟的典型表现。其中"骨节疼烦"为热邪流注骨节经络；"时呕"为热邪犯胃、胃气上逆；"脉如平"看似寻常，实为热邪尚未完全显现于脉象，或是热盛而气血被遏。"但热不寒"是温疟最关键的辨证要点，也是与一般疟疾（寒热往来）的根本区别。白虎加桂枝汤中，白虎汤（石膏、知母、粳米、甘草）清阳明独胜之热，保肺金而救津液；桂枝一味，领邪外出，作向导之官，有"热因热用"之妙。
"但热不寒，或微寒多热，舌干口渴"——瘅疟较温疟主证阴伤更重，突出表现为舌干口渴，提示胃阴已伤。吴鞠通弃用白虎加桂枝汤而改用五汁饮（梨汁、荸荠汁、鲜苇根汁、麦冬汁、藕汁），取甘寒救阴之法，以滋养肺胃之阴。此条体现了温病学派"存得一分津液，便有一分生机"的核心理念。加减法中：加竹叶、连翘以清表热；加知母以泻阳明独胜而保肺化源；加生地、元参以救阴血；加杏仁以宣肺气；加滑石以行三焦、开邪出路，示人以灵活变化之妙。
"舌白渴饮，咳嗽频仍，寒从背起，伏暑所致"——此证为疟之最浅者，病位在肺。舌白非热象明显，咳嗽为肺气不利，寒从背起为太阳经气不舒，口渴为津液不布。吴鞠通指出此系"伏暑"所致，强调忌用小柴胡汤，恐引邪深入。杏仁汤以杏仁宣肺降气为君，黄芩、连翘清肺透热，滑石、茯苓淡渗利湿，桑叶轻清宣透，白蔻皮芳香化湿，梨皮甘凉润肺，合为宣肺化湿、清热透邪之法。
"热多昏狂，谵语烦渴，舌赤中黄，脉弱而数"——此为疟邪逆传心包之危重证。热盛则昏狂谵语，津伤则烦渴，舌赤为营分有热，中黄为气分尚有余邪，脉弱而数为正气已伤而热势未已。吴鞠通以加减银翘散清肺与膻中之热，领邪出卫；若兼秽浊蒙窍（舌浊、口气重），则以安宫牛黄丸清宫城而安君主。此证标志着温疟由气分深入营血、逆传心包的危重转归，须急急清心开窍，否则预后极差。
温疟兼证的辨证思路在现代临床中仍有重要指导意义，尤其是在发热性疾病的鉴别诊断和治疗中：
适用病证：流感、乙型脑炎、登革热等急性发热性疾病，表现为高热（但热不寒）、头痛身痛、骨节疼痛者。也见于一些不明原因发热。
辨证要点：发热但不恶寒、口渴、有汗、脉不浮紧。若兼骨节烦痛、时呕，即为适应证。
方药活用：桂枝用量不宜过大，取引领之意即可（原方用桂枝木三钱）。若热势极盛，可加知母、石膏用量，或配合金银花、连翘以增透热之力。
适用病证：高热后期阴液耗伤、口干舌燥、胃阴不足者。也用于糖尿病（消渴）属胃热津伤型、放疗后口腔干燥症、小儿高热后伤津等。
辨证要点：舌干口渴明显，但热不寒或微寒多热，脉细数。
方药活用：若确见阳明气分热盛，可加知母、石膏，即变方为"五汁饮加知母石膏"之法。临床也可根据条件灵活选用鲜品或成药。
适用病证：急性支气管炎、病毒性肺炎初期、流感伴咳嗽，症见发热、咳嗽、背寒、口渴者。
辨证要点：舌白（舌苔白）、咳嗽频繁、寒从背起、口渴。注意与小柴胡汤证鉴别（小柴胡证以寒热往来、口苦咽干、目眩为主，与肺疟不同）。
方药活用：发热重者可加石膏；咳嗽重者可加前胡、浙贝母；湿重者可加薏苡仁、厚朴。
适用病证：急性脑膜炎、乙型脑炎、重症流感并发脑病等，以高热、神昏、谵语为特征。
辨证要点：发热、神昏、谵语、舌红绛、苔黄燥。加减银翘散用于热陷心包之轻证；安宫牛黄丸用于热毒炽盛、内闭心包之重证。
现代应用：安宫牛黄丸在现代急诊中广泛用于高热神昏、缺血性脑卒中急性期、肝性脑病等。但须注意中病即止，不可过服。
王孟英《温热经纬》：温疟一证，吴氏辨之最详。其谓"阴气先伤，阳气独发"八字，实为温疟提纲。盖阴气先伤则热有所归，暑邪乘之则阳愈亢，故但热不寒。白虎加桂枝汤之妙在一味桂枝，领白虎之凉润以达表，非寻常解表之比。
叶天士《温热论》："在卫汗之，到气清气，入营透热转气，入血凉血散血。"温疟兼证体系完美演绎了此辨治纲领：肺疟（在卫）用杏仁汤宣透；温疟主证（在气）用白虎汤清气；心疟（入营入心包）用加减银翘散透热转气、安宫牛黄丸清心开窍。层次分明，井然有序。
张锡纯《医学衷中参西录》：温疟之治，首重存阴。五汁饮一方，以鲜果汁甘寒润燥，不伤正气，最宜于津枯热炽之候。白虎加桂枝汤以石膏、知母清阳明之热，以桂枝达经络之邪，表里双解，法度严谨。杏仁汤治肺疟，其妙在杏仁、桑叶宣肺，滑石、茯苓渗湿，合为湿热两解之法。
曹炳章《温病条辨校正》：温疟兼证之辨，吴氏以"但热不寒"一纲统之，而以瘅疟、肺疟、心疟三目分之。纲举目张，使学者知温疟非一证之限，而有浅深轻重之分。其方药由白虎之峻清，到五汁之甘润，再到杏仁之宣化，终至安宫之开窍，步步为营，层次井然，实为温病辨证论治之典范。