治瘴气疫疠温毒诸方。
辟瘟疫药干散：
大麻仁、柏子仁、干姜、细辛各一两，附子半两，炮，去皮。上六味，捣筛，正旦以井华水举家各服方寸匕，日二服，疫疠则止。
赤散方：
牡丹、皂荚各五分，炙之；细辛、干姜、附子各三分，炮；肉桂二分；珍珠四分；踯躅花四分。上八味，捣筛为散，初觉头强邑邑，便以少许内鼻中，吸之取出。温酒服方寸匕，覆眠取汗。若病在四肢，导引汁出；若病在胸中，吐之；若病在头者，以少许搐鼻，则瘥。
太乙流金方：
雄黄三两，雌黄二两，矾石一两半，鬼箭羽一两半，羚羊角二两。上五味，捣筛，三角绛袋盛一两，带心前，并挂门户上。若逢大疫之年，以月旦青布裹一刀圭，中庭烧之。温病人亦烧熏之。
雄黄散方：
雄黄五两，朱砂一升，菖蒲二两，鬼臼二两。上四味，捣筛，涂五心、额上、鼻人中及耳门。
屠苏酒方：
大黄、白术、桔梗、蜀椒各等分，桂心、乌头、菝葜各等分。上七味，细锉，以绛袋盛，岁除日悬井中，令至泥。正旦出之，置酒中，煎数沸，东向户中饮之。自幼及长，各饮少许，一人饮，一家无疫；一家饮，一里无疫。饮药酒得三朝，还滓置井中，能仍岁饮，可世无病。当家内外有井，皆悉着药辟温气也。
辟温粉身方：
川芎、苍术、白芷、藁本、零陵香各等分。上五味，捣筛为末，以粉身，辟温气。
治温毒方：
大青叶、栀子仁、甘草各二两，香豉五合。以水六升，煮取二升，分再服。温毒发斑，大疫难救者，用此方。
治温病烦热方：
葛根、麻黄、大青叶、石膏、知母、甘草各一两。以水七升，煮取二升，去滓，分温三服，取汗。
又方：
常以月望日，细锉东引桃枝，煮汤浴。
又方：
正旦吞麻子、赤小豆各二七枚，又以东行桑根，如带，着户上。
又方：
又法：用柏叶、桃仁、芜荑，煎汤浴之，辟温气。
又方：
又方：取小豆，新布囊贮之，内井中，须臾出，举家各服二七枚，辟温。
凡所以治病之法，皆当避邪毒瓦斯，入人脏腑，宜先服预药，以御其气，使不入也。凡瘟疫之岁，或一家皆病，或邻里相传，或至灭门者，皆由正气先虚，邪气乘之。是以圣人避之，如避矢石。然当以药预防之，使正气存内，邪不可干。凡治温病，可灸两乳头，各三壮，又灸心下一寸，各三壮。
本篇讨论瘴气、疫疠、温毒等传染性疾病的治疗与预防方法，共收录十余首方剂，涵盖内服、外用、熏香、佩戴、洗浴、粉身等多种给药途径，堪称中医防疫学的奠基之作。
辟瘟疫药干散：大麻仁、柏子仁、干姜、细辛各一两，炮附子半两。六味药捣筛为散，正月初一早晨用井华水全家各服一方寸匕，每日两次，可预防瘟疫流行。
赤散方：牡丹皮、皂荚（炙）各五分，细辛、干姜、炮附子各三分，肉桂二分，珍珠四分，踯躅花四分。八味药捣筛为散。刚感觉头痛头重时，取少许吸入鼻中，打喷嚏后邪气外出；或用温酒送服一方寸匕，盖被取汗。病在四肢则导引令汗出；病在胸中则催吐；病在头部则搐鼻取嚏，即愈。
太乙流金方：雄黄三两，雌黄二两，矾石一两半，鬼箭羽一两半，羚羊角二两。五味药捣筛，用红色三角布袋盛装一两，带在心前，并挂于门户上。若遇大疫之年，于每月初一用青布包裹一刀圭药粉，在庭院中焚烧。温病人也可用此药烧烟熏之。
雄黄散方：雄黄五两，朱砂一斤，菖蒲二两，鬼臼二两。四味药捣筛，涂于双手心、双足心、心口（五心）、额头、鼻下人中及耳门处，用于预防瘟疫。
屠苏酒方：大黄、白术、桔梗、蜀椒各等分，桂心、乌头、菝葜各等分。七味药细切，用红袋盛装，除夕夜悬于井中，使药袋沉至井底泥处。正月初一取出，放入酒中煎煮数沸，面向东方从东边门户饮之。从幼到长，各饮少许。一人饮，一家无疫；一家饮，一里无疫。饮药酒三日，将药渣还置井中。若能年年如此，可世无病。家中内外所有水井，皆可放药以辟温气。
辟温粉身方：川芎、苍术、白芷、藁本、零陵香各等分。五味药捣筛为细末，以药粉扑身，可辟除温疫之气。
治温毒方：大青叶、栀子仁、甘草各二两，香豉五合。用水六升，煮取二升，分两次服。治疗温毒发斑、大疫难救者。
治温病烦热方：葛根、麻黄、大青叶、石膏、知母、甘草各一两。用水七升，煮取二升，去滓，分三次温服，取汗。
其他防疫法：每月十五日用东向桃枝煮汤洗浴；正月初一吞服麻子、赤小豆各十四枚；用柏叶、桃仁、芜荑煎汤洗浴辟温气；用小豆装新布袋放入井中，须臾取出，全家各服十四枚以辟温。
凡是治病之法，都应当避免邪毒之气侵入脏腑，宜先服预防之药，以抵御邪气，使其不能侵入。凡瘟疫流行之年，有的全家皆病，有的邻里相传，甚至灭门者，都是因为正气先虚，邪气乘虚而入。所以圣人避瘟疫，如避箭石。应当以药物预防之，使正气存于内，邪气不能侵犯。治疗温病，还可以灸两乳头各三壮，灸心下一寸各三壮。
本篇是《肘后备急方》中极为重要的防疫专篇，集中体现了葛洪"预防为主、防治结合"的瘟疫防治思想。全篇以"正气存内，邪不可干"为理论核心，围绕瘴气、疫疠、温毒三大病种，构建了一套从个人防护到家庭预防再到社区隔离的立体防疫体系。
瘴气：特指岭南地区山林间湿热郁蒸产生的致病之气，类似于现代医学的恶性疟疾、登革热等地方性传染病。葛洪本人长期在广东罗浮山炼丹行医，对瘴气有切身了解，本篇所载诸方多为针对岭南地区的地方病而设。
疫疠：指具有强烈传染性的时行疾病，相当于现代医学的烈性传染病。《说文》曰："疫，民皆疾也。"疠者，恶气也。疫疠的特点是传染迅速、病情危重。
温毒：指温热病邪中具有毒性表现的一类，以发斑、出血、神昏为特征，相当于现代医学的重症流感、流行性出血热、斑疹伤寒等。
葛洪在篇末提出核心防疫理论："正气先虚，邪气乘之"——这是对《内经》"正气存内，邪不可干"思想的临床发挥。他强调"宜先服预药，以御其气，使不入也"，即预防性服药的理念，这在世界医学史上具有开创性意义。全篇构建了六大防疫层次：
赤散是《肘后备急方》中最重要的防疫急救方之一，取名"赤"者，因方中含朱砂（丹砂）或相关成分，药粉呈红色。方由牡丹皮、皂荚、细辛、干姜、附子、肉桂、珍珠、踯躅花八味药组成。其组方思路精妙：
透窍开闭：皂荚、细辛、踯躅花辛散走窜，善通鼻窍、令人嚏，使邪气从鼻而出，类似现代物理排毒。皂荚有强烈的刺激性，能刺激鼻黏膜分泌，促进排出病邪。
温阳散寒：干姜、附子、肉桂大辛大热，温壮阳气，增强卫外功能。附子为回阳救逆第一品药，此处用炮制后的附子，既有温通之力又减其毒性。
解毒安神：珍珠安神定惊，清热解毒，防止温毒内陷心包引起神昏。
活血通络：牡丹皮活血凉血，防邪入血分而发斑。
使用要点：初觉头强邑邑（头痛头重）——即瘟疫早期征象，立即以少许入鼻中取嚏，同时温酒送服取汗。根据病位不同分别采取汗、吐、搐鼻等不同方法，体现了辨证论治的灵活性。
屠苏酒是中国历史上最著名的防疫药酒，后世元旦饮屠苏酒成为民俗。葛洪原方由大黄、白术、桔梗、蜀椒、桂心、乌头、菝葜七味药组成。其名称"屠苏"有广释：一说为草庵之名，谓此方能屠绝鬼气、苏醒人魂；一说屠苏为一种阔叶草，用以盖屋，此酒为草庵之人所传。
组方分析：
制备工艺考究：绛袋盛药→岁除日悬井中至泥→正旦出之→置酒中煎数沸→东向户中饮。这一系列操作既有实用意义（井中低温保存、酒煎提取有效成分），也有民俗文化内涵（岁除至正旦，象征送旧迎新、祛邪扶正）。
社群防疫思想："一人饮，一家无疫；一家饮，一里无疫"——葛洪已认识到集体预防的重要性。这种从个人到家庭再到邻里（社区）的逐级扩大预防策略，与现代传染病防控中的"密切接触者预防服药"理念暗合。
"太乙"为天神之名，"流金"形容药效如熔金流布、无所不至。此方以雄黄、雌黄（硫化砷矿物）为主要成分，配合矾石、鬼箭羽、羚羊角五味药。其使用方式丰富：
雄黄和雌黄均为含砷矿物，具有杀虫、解毒、抗菌作用，现代研究证实砷剂对某些病原微生物有抑制作用。但砷有毒性，使用需控制剂量。葛洪在《抱朴子》中对雄黄的炼丹和药用有详细论述。
川芎、苍术、白芷、藁本、零陵香各等分，捣筛为末以粉身。此方以芳香辟秽为原则，五药均含挥发油，具有芳香化湿、辟秽解毒之功：
此方通过体表涂抹，使药物有效成分经皮肤吸收，同时挥发油的气味在身体周围形成"气味保护圈"，对病邪有驱避作用。现代临床常用苍术、白芷等芳香药制成香囊佩戴，即源于此。
本篇不仅载有予防方，亦收载了治疗温毒发斑、温病烦热的方剂：
本篇所载防疫方剂在后世得到广泛应用和发展，对中医防疫学产生了深远影响。以下从现代临床应用角度进行分析：
赤散"初觉头强邑邑，便以少许内鼻中"的用法，对于现代流感、上呼吸道感染的早期干预有重要参考价值。鼻腔给药是近年来医学研究的热点，鼻腔黏膜血管丰富，药物可以快速吸收进入血循环，且不经肝脏首过效应。皂荚、细辛刺激鼻黏膜产生喷嚏反射，有助于排出鼻腔内附着的病原体。现代可参考此思路，将抗病毒中药（如金银花、连翘、贯众等）制成鼻用喷雾剂用于流感的早期干预。
屠苏酒在唐宋时期极为盛行，孙思邈《千金要方》、王焘《外台秘要》均收录此方并有所加减。后世屠苏酒的配方演变出多个版本，如《本草纲目》所载屠苏酒在大黄、白术、桔梗、蜀椒、桂心、乌头的基础上加入了防风、莪术等药。现代一些地区仍有元旦饮屠苏酒的民俗，但已多采用低毒或无毒代用品（如以桂枝代乌头、以花椒代蜀椒），体现了历代医家的安全性改良。屠苏酒的社区集体预防理念，对于现代流感高发季节的人群预防用药仍有启示意义。
雄黄散"涂五心、额上、鼻人中及耳门"的用法，与2020年以来广泛应用的鼻腔消毒理念相通。虽然雄黄（含砷）在现代已经较少直接用于黏膜涂抹，但其思想精华——在病原体入侵的首要门户（鼻腔）建立药物屏障——已经被现代医学充分验证。现代临床可采用金银花、连翘、黄芩、鱼腥草等无毒中药制成鼻腔护理液，在流感等呼吸道传染病流行期间使用。
辟温粉身方通过体表给药达到预防目的，这一用药途径在现代临床中被称为"透皮给药系统"。该方的药物以芳香化湿类为主，现代研究证实：
"中庭烧之"即环境烟熏消毒，与现代的空气消毒理念相通。雄黄、雌黄焚烧后产生的含硫气体具有一定杀菌作用。后世医家发展了多种中药烟熏消毒法，如苍术、艾叶、白芷、丁香等制成的消毒香。2020年新型冠状病毒流行期间，全国各地中医机构恢复了中药烟熏消毒的传统，艾灸和中药熏蒸在病房和公共空间中得到应用。
孙思邈《千金要方》："屠苏之饮，先从小起，多少自在。一人饮，一家无疫；一家饮，一里无疫。饮药酒得三朝，还滓置井中，能仍岁饮，可世无病。"孙思邈在葛洪基础上进一步详述屠苏酒的制作法，并增加了"东向户中饮之"的服用方向禁忌，体现了道医合流的特点。他还补充了"饮药酒得三朝"的疗程概念，强调连续饮用三日方可达到最佳防疫效果。
王焘《外台秘要》：在"辟温方"篇中收录了大量葛洪肘后方的方剂，并加按语。对太乙流金方，王焘注曰："此方出《肘后》，用之甚验，但须以真雄黄、雌黄，否则无功。"指出矿物药道地性的重要性，非真品无效。他对雄黄散的评价是："涂五心，令邪气不能入，此法甚妙。"
李时珍《本草纲目》："屠苏酒，陈延之《小品方》云：此华佗方也。元旦饮之，辟疫疠一切不正之气。"李时珍引用《小品方》之说，认为屠苏酒源自华佗，并将其配伍原则总结为："大黄走气分，白术补中气，桔梗开肺气，蜀椒温下元，桂心通血脉，乌头散寒湿。"他认为乌头在此方中不宜生用，"必须炮制，令裂，去皮脐，方可用之。"
徐灵胎《医学源流论》："古人防疫之法，莫备于《肘后》。其赤散、雄黄散之搐鼻，已开后世鼻苗种痘之先声。太乙流金之烧熏，实为空气消毒之祖法。屠苏酒之里闾共饮，乃群体免疫之滥觞。葛洪以一介方士，而有此等卓识，真千古一人也。"徐灵胎高度评价葛洪在防疫学上的开创性贡献，指出其鼻苗给药的思路启发了后世的种痘术。
近代医家章次公："《肘后》治瘴气疫疠温毒诸方，开后世防疫学之先河。赤散搐鼻取嚏之法，与现代鼻腔喷雾疫苗有异曲同工之妙；太乙流金薰烧之术，实为空气消毒之雏形。葛洪在四世纪即有如此系统之防疫思想，非惟医家之宗匠，亦防疫学之鼻祖也。"
现代研究评述：中国中医科学院屠呦呦教授在《〈肘后备急方〉的科学价值》一文中指出："葛洪《肘后备急方》中关于瘴气疫疠温毒的防治，是世界上最早的口罩防护、空气消毒、预防服药的系统记载。其'靑蒿一握，以水二升渍，绞取汁，尽服之'治疟疾的记载，为我们发现青蒿素提供了关键线索。同样，本篇的防疫用药思路也为中药抗病毒研究提供了重要源泉。"