《疟论》篇的核心是系统探讨疟疾的病理机制、临床表现与治疗原则，详细阐述疟疾"往来寒热"的本质特征及其与少阳证、太阳证的区别。本篇从疟疾的定义入手，揭示疟疾"皆生于风"的病因学、阴阳上下交争的病理机制、寒热交替的症状表现（先寒后热、先热后寒、但热不寒）、日作与间日作的病程规律，以及"病发时不治、病衰时治"的治疗时机原则，形成完整的疟疾诊疗体系。
《黄帝内经》明确疟病的根本特征：
"疟之始发也，先起于毫毛，伸欠乃作，寒慄鼓颔，腰脊俱痛，寒去则内外皆热，头痛如破，渴欲冷饮。"
《黄帝内经》揭示疟疾的核心病理：
"阴阳上下交争，虚实更作，阴阳相移也。阳并于阴，则阴实而阳虚，阳明虚，则寒慄鼓颔。"
建立系统的疟疾诊断方法：
"我说我没有啊，我有忽冷忽热，可是我嘴巴没有打颤，牙齿没有打颤，就是热下冷下，然后就是病热，这不是少阳证...那老师这个少阳证还是太阳证，太阳证也有热多寒少，寒多热少，我们处方不一样。"
《黄帝内经》确立疟疾治疗的根本原则：
"夫疟之未发也，阴未并阳，阳未并阴，因而调之，真气得安，邪气乃亡。故工不能治其已发，为其气逆也。"
建立系统的疟疾临床诊疗流程：
"因为桂枝汤现在是所有古方到现在最能够协调阴阳的处方，所以阴阳不合的时候你用桂枝汤去调它，所以这个我们一直在跟大家说你们去吃桂枝汤，到哪里去吃桂枝汤预防感冒，绝对比你打什么感冒疫苗有效。"
《疟论》篇不仅阐述了疟疾的具体诊疗，更体现了中医辨证论治的系统思维与时空观念。将病因学（夏伤于暑）、病理学（阴阳交争）、症状学（寒热交替）、治疗学（时机把握）、预防学（协调阴阳）有机结合，形成完整的疟疾防治体系。
本篇内容体现了中医"因时制宜、因病施治"的个体化医疗特色，将季节气候（夏暑秋风）、病程规律（日作间日）、症状特点（寒热先后）、体质差异（劳力肺热）、治疗时机（未发已发）等多重因素综合考虑。这种从疾病自然病程出发、结合季节气候影响、分析病理机制、把握最佳时机、选择适宜治法的模式，对现代医学标准化治疗的趋势提供了重要的补充和平衡，展现了中医在个体化医疗、时间医学与整体观念领域的独特优势与深度智慧。