第三十九难是《难经》中论述脏腑配属关系的重要篇章，核心探讨"脏六腑五"这一特殊说法。一般而言，人体五脏（肝、心、脾、肺、肾）配六腑（胆、小肠、胃、大肠、膀胱、三焦），这是中医脏腑学说的标准框架。然而古医经中又有"腑有五，脏有六"的异说，第三十九难针对这一说法进行了专门辨析。
本难的独特价值在于提出了命门作为第六脏的理论，以及三焦虽为一腑但不属五脏的论断，丰富了中医脏腑学说的理论内涵。第三十九难与第三十八难前后呼应，共同构成了《难经》对脏腑配属关系的完整论述。
曰：经言腑有五，脏有六者，何也？
然：六腑者，正有五腑也。五脏亦有六脏者，谓肾有两脏也。其左为肾，右为命门。命门者，精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞。其气与肾通。故言脏有六也。
腑有五者，何也？
然：五脏各一腑，三焦亦是一腑，然不属于五脏，故言腑有五焉。
第三十九问：古医经上说，腑有五个，脏有六个，这是为什么呢？
答：所谓六腑，实际上只有五腑（胆、胃、大肠、小肠、膀胱）。五脏之所以说是有六个，是因为肾分为左右两脏，左为肾，右为命门。命门，是精神所藏之处；男子用以贮藏精气，女子用以维系胞宫。命门之气与肾相通。因此可以说脏有六个。
又问： 那么腑有五个，又是什么意思呢？
又答： 五脏各配一腑（肝配胆、心配小肠、脾配胃、肺配大肠、肾配膀胱），三焦虽然也是一腑，但它不属于五脏中任何一脏的配属，因此说腑有五个。
第三十九难开篇即引述古医经中的一种说法——"腑有五，脏有六"。这一说法与当时通行的五脏六腑（五配六）理论相矛盾。通行理论中，五脏（肝、心、脾、肺、肾）配六腑（胆、小肠、胃、大肠、膀胱、三焦），是脏少而腑多。而古经却称"腑有五，脏有六"，变成了脏多而腑少。这种矛盾反映了早期中医脏腑学说在发展过程中存在不同学派的观点分歧。
| 学说 | 脏的数量 | 腑的数量 | 说明 |
|---|---|---|---|
| 通行说法 | 五脏（肝心脾肺肾） | 六腑（胆小肠胃大肠膀胱三焦） | 脏五腑六，为《黄帝内经》所载的主流学说 |
| 古经异说 | 六脏（加命门） | 五腑（去三焦） | 命门作为第六脏，三焦不属五脏之配，故为脏六腑五 |
《难经》对此问题的处理方式是不否定任何一种说法，而是通过重新定义概念来协调二者的矛盾。第三十九难的核心工作就是：
"脏六腑五"之说，非与"脏五腑六"相悖也，乃从不同角度言之。从肾分左右而论，则有六脏；从五脏各配一腑而论，则有三焦不属五脏，故有五腑。
这种处理方式体现了《难经》调和诸说、兼容并蓄的学术风格，不是简单地否定某一种说法，而是在不同理论体系之间建立沟通桥梁。
第三十九难明确指出："其左为肾，右为命门"。这是中医文献中关于命门定位的早期重要论述之一。命门在解剖位置上与肾并列，同为腰部脏器，但在功能上具有不同于肾的特殊地位。
命门是精神（神与精）的居所。此处的"精神"并非现代心理学意义上的"精神"，而是指人体的生命活力和神志活动的物质基础。命门藏精神，意味着命门是人体生命活动的根本动力所在。这一论断将命门提升到了比一般脏腑更高的层次——它不仅是形态上的脏器，更是生命能量的源泉。
命门在男子体内负责贮藏生殖之精。这与肾藏精的功能相一致，再次印证了"其气与肾通"的说法。男子的生殖功能、性功能和生长壮老的生命过程，都与命门所藏之精的盛衰密切相关。临床上，男子不育、阳痿、早泄、遗精等病症，常从命门论治。
命门在女子体内负责维系胞宫（子宫）的正常位置和功能。胞宫的孕育功能有赖于命门之气的固摄和温煦。若命门之气不足，可出现胞宫下垂、月经不调、不孕、滑胎等病症。这一功能与肾主生殖、系胞的理论也是一致的。
第三十九难在论述命门时特别强调"其气与肾通"，这一句话至关重要：
"命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。故男子以藏精，女子以系胞。"——《难经·三十六难》
注：三十六难已提出命门的概念，三十九难进一步确认命门作为第六脏的地位。
第三十九难在解释"腑有五"时说：五脏各有一腑相配，三焦虽然也是一腑，但不属于五脏中的任何一脏，因此只说有五腑。这一论断揭示了三焦在脏腑体系中的特殊地位。
| 对比项目 | 五腑（胆小肠胃大肠膀胱） | 三焦 |
|---|---|---|
| 配属关系 | 各配一脏（肝胆、心小肠、脾胃、肺大肠、肾膀胱） | 不与任何一脏单独配属 |
| 形态特征 | 有具体形态的官腔器官 | "有名而无形"（二十五难），是功能性的概念 |
| 功能范围 | 各司其职，功能相对专一 | 总司全身气化，通行水道 |
| 经络归属 | 各属一条经络 | 手少阳三焦经，但关联全身 |
"腑有五者，何也？然：五脏各一腑，三焦亦是一腑，然不属于五脏，故言腑有五焉。"——《难经·三十九难》
第三十八难和第三十九难在内容上前后呼应，共同构成了《难经》对脏腑数量问题的完整论述。第三十八难首先提出了"脏唯有五，腑独有六"的问题，从正面论述了五脏六腑的配属关系。第三十九难则从反面论述了"腑有五，脏有六"的异说，对古医经中的不同说法进行了辨析。
| 对比项目 | 三十八难 | 三十九难 |
|---|---|---|
| 核心问题 | 为什么只有五脏，却有六腑？ | 为什么古经说腑有五、脏有六？ |
| 论述角度 | 正面论述"脏五腑六"的合理性 | 反向辨析"脏六腑五"的古经异说 |
| 对三焦的处理 | 三焦是六腑之一，称为"孤之府" | 三焦不属五脏，故只言五腑 |
| 对命门的处理 | 未涉及命门 | 提出命门为第六脏 |
| 理论贡献 | 确立了六腑的概念，提出了"孤之府"的理论 | 确立了命门的地位，调和了不同学说的矛盾 |
| 核心结论 | 五脏配六腑，三焦为孤府 | 肾分左右为六脏，三焦不属五脏故为五腑 |
第三十八难和第三十九难看似矛盾，实则从不同角度完善了中医脏腑学说：
三十八难曰："脏唯有五，腑独有六者，何也？然：所以腑有六者，谓三焦也。有原气之别焉，主持诸气，有名而无形，其经属手少阳。此外腑也，故言腑有六焉。"
三十九难与三十八难相为表里，一正一反，互相发明。
滑寿指出："肾之有两，犹人之有两手、两足、两目也。其左右不同者，以阴阳之道路也。左为阳，右为阴，故左肾右命门。"滑寿认为命门与肾的区别在于阴阳属性的不同，左肾属阳（主水），右命门属阴（主火），但二者的气是相通的。他还强调，所谓"脏有六"并非真的比五脏多出一脏，而是将一体之肾析而言之。
徐大椿从数理哲学的高度阐释了这一难题："天地之数，阳奇阴偶。五脏属阴，当为偶数；六腑属阳，当为奇数。今阳反五而阴反六，故经又言腑有五、脏有六以通其变。"徐大椿认为古经的"脏六腑五"之说是为了从数理上协调阴阳，使五脏六腑的配数更加符合天地阴阳之数。他强调不必拘泥于数字，而应理解其背后阴阳平衡的思想。
张世贤以图形示意的方式解释了命门与肾的关系。他绘制了"肾有两脏图"，将左肾与右命门并列，标注左肾为"水脏"，右命门为"火脏"，指出"水火既济，精神乃生"。张世贤还特别强调命门在人体生命活动中的核心地位，认为命门之火是全身阳气之根，这与后世的命门学说一脉相承。
王九思集录了多家注说，其中引吕广曰："五脏六腑，其数有常。今言六脏五腑，于义未安。然肾有两，左为肾右为命门，故可以言六脏。三焦虽配心主，然心主非脏也，故不可以三焦配五脏而为六腑。"王九思的注解揭示了心主（心包络）与三焦的表里关系，并指出正因为心主不被视为独立的脏，所以三焦也无法与心主构成一对标准的脏腑配属。
督脉的命门穴（位于第二腰椎棘突下），虽然与《难经》所说的"右肾命门"不完全相同，但在功能上一脉相承：
三焦虽不属五脏，但其作为通行元气和水道的功能在临床中有重要指导意义：
第三十九难的核心启示在于：中医的脏腑概念不仅是解剖学意义上的实体器官，更是功能系统的概括。命门的提出、三焦的特殊地位，都说明中医在建构脏腑理论时，更注重功能联系和系统整合，而非简单的解剖计数。这一思想对临床医生具有重要的方法论指导意义——在辨证论治时，不应拘泥于脏腑数量的多少，而应着眼于脏腑功能的实际状态和相互关系。