曰：经言肺之原出于太渊，心之原出于大陵，肝之原出于太冲，脾之原出于太白，肾之原出于太溪，少阴之原出于兑骨，胆之原出于丘墟，胃之原出于冲阳，三焦之原出于阳池，膀胱之原出于京骨，大肠之原出于合谷，小肠之原出于腕骨。
十二经皆以俞为原者，何也？
然：五脏俞者，三焦之所行，气之所留止也。三焦所行之俞为原者，何也？
然：脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原。三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑。原者，三焦之尊号也，故所止辄为原。五脏六腑之有病者，皆取其原也。
原文大意：医经上说：肺经的原穴出自太渊，心经的原穴出自大陵，肝经的原穴出自太冲，脾经的原穴出自太白，肾经的原穴出自太溪，手少阴心经的原穴出自兑骨（神门），胆经的原穴出自丘墟，胃经的原穴出自冲阳，三焦经的原穴出自阳池，膀胱经的原穴出自京骨，大肠经的原穴出自合谷，小肠经的原穴出自腕骨。
问：十二经都是以俞穴作为原穴，这是什么道理呢？
答：五脏的俞穴，是三焦之气通行运行、经气停留汇聚的地方。
又问：三焦所通行的俞穴之所以称为"原"，又是什么道理呢？
答：脐下肾间动气，是人的生命之本，十二经的根本，所以称之为"原"。三焦是原气的别行使臣，主管通行三气（上焦宗气、中焦营气、下焦卫气），经历于五脏六腑。"原"这个名称，是对三焦的尊称，所以三焦之气所停留的地方就称为"原"。因此，五脏六腑有病时，都可以取用各自的原穴来治疗。
《难经·六十六难》系统列出了十二经的原穴名称。与《灵枢·九针十二原》相比，《难经》在原穴理论上有一个重大特点：它明确将心经原穴定为大陵（实为心包经原穴），而将少阴心经的原穴定为兑骨（神门）。这一划分体现了《难经》对"心不受邪"理论的贯彻——心之病变由心包代受，所以心之原取大陵（心包经原穴），而少阴之原取兑骨（心经原穴）。
| 经络 | 原穴名称 | 定位 | 现代解剖位置 |
|---|---|---|---|
| 手太阴肺经 | 太渊（Tài yuān, LU9） | 掌后腕横纹桡侧端，桡动脉搏动处 | 桡骨茎突与舟状骨之间，拇长展肌腱尺侧 |
| 手厥阴心包经（代心） | 大陵（Dà líng, PC7） | 腕掌侧横纹中点，掌长肌腱与桡侧腕屈肌腱之间 | 腕管入口处，正中神经通过 |
| 足厥阴肝经 | 太冲（Tài chōng, LR3） | 足背第1、2跖骨结合部前方凹陷中 | 第1跖骨间隙，𧿹短伸肌腱外侧 |
| 足太阴脾经 | 太白（Tài bái, SP3） | 足内侧缘，第1跖趾关节后下方，赤白肉际 | 𧿹展肌起点，第1跖骨小头后方 |
| 足少阴肾经 | 太溪（Tài xī, KI3） | 足内侧，内踝后方与跟骨结节之间凹陷中 | 内踝与跟腱之间，胫后动脉搏动处 |
| 手少阴心经 | 兑骨/神门（Shén mén, HT7） | 腕掌侧横纹尺侧端，尺侧腕屈肌腱桡侧凹陷中 | 豌豆骨后方，尺神经通过 |
| 足少阳胆经 | 丘墟（Qiū xū, GB40） | 足外踝前下方，趾长伸肌腱外侧凹陷中 | 外踝前缘与第4跖骨间隙连线中点 |
| 足阳明胃经 | 冲阳（Chōng yáng, ST42） | 足背最高处，第2、3跖骨间，𧿹长伸肌腱外侧 | 足背动脉搏动处，第2、3跖骨基底结合部前方 |
| 手少阳三焦经 | 阳池（Yáng chí, SJ4） | 腕背横纹中，指伸肌腱尺侧凹陷中 | 腕背侧韧带，腕骨间关节处 |
| 足太阳膀胱经 | 京骨（Jīng gǔ, BL64） | 足外侧缘，第5跖骨粗隆下方，赤白肉际 | 小趾展肌起点，第5跖骨底部 |
| 手阳明大肠经 | 合谷（Hé gǔ, LI4） | 手背第1、2掌骨间，第2掌骨桡侧中点 | 第1骨间背侧肌中，桡动脉分支 |
| 手太阳小肠经 | 腕骨（Wàn gǔ, SI4） | 手掌尺侧，第5掌骨基底与三角骨之间凹陷中 | 钩骨与豌豆骨之间，尺神经深支 |
《难经·六十六难》是中医理论中论述原穴最为核心的篇章，它构建了一个从"肾间动气"到"三焦"再到"原穴"的完整理论体系。
"脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也。"肾间动气指的是两肾之间所藏的原气，这是人体生命活动的根本动力。它位于脐下丹田处，是先天精气所化，为五脏六腑、十二经脉提供原动力。在《难经·八难》中已经论述过："诸十二经脉者，皆系于生气之原。所谓生气之原者，谓十二经之根本也，谓肾间动气也。"六十六难在此基础之上，进一步将肾间动气与"原穴"的概念相贯通。
"三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑。"三焦是原气通行的通道和使臣。具体来说：
"通行三气"即指三焦使宗气、营气、卫气这三气各司其职、各循其道，共同维持人体正常的生命活动。三焦作为"原气之别使"，将原气输送到全身各处，尤其是五脏六腑的俞穴部位。
"原者，三焦之尊号也，故所止辄为原。"这是本难画龙点睛之笔。"原"字即是三焦的尊称，三焦之气所停留汇聚的地方就称为"原穴"。也就是说：
《难经》提出"十二经皆以俞为原"，这与《灵枢》的原穴理论有所不同。在《灵枢·九针十二原》中，原穴是独立于五输穴之外的特定穴；而在《难经》中，原穴直接与五输穴中的"俞穴"（输穴）合并。这一理论创新具有以下意义：
理解六十六难的核心，在于把握"原气—三焦—原穴"这一三角关系：
原气（来源）：藏于肾间，是人体最根本的活力来源，好比一个国家的"能源中心"。
三焦（通道）：作为原气的"别使"，三焦将原气输送至全身各处，好比"输能管道系统"，使宗气、营气、卫气各行其道。
原穴（门户）：是三焦之气在体表输注汇聚的特定部位，好比"能源接口"，是调节脏腑功能的关键点。
当脏腑发生病变时，通过针刺原穴，可以调节三焦的通路功能，进而影响到肾间动气所发出的原气，达到治疗脏腑疾病的目的。这就是"五脏六腑之有病者，皆取其原也"的内在机理。
另外，本难中"心之原出于大陵"是一个特殊的理论处理。大陵本是手厥阴心包经的原穴，《难经》将其列为心之原，体现了"心不受邪，由心包代受"的学术观点。同时另设"少阴之原出于兑骨"，把手少阴心经独立的原穴标记出来，形成了一种双重原穴体系。这种处理方式在后世针灸临床上产生了深远影响。
"五脏六腑之有病者，皆取其原也。"原穴在临床上应用极为广泛，是针灸治疗脏腑疾病的核心选穴。以下从几个方面详述原穴的临床应用：
滑寿《难经本义》："原者，三焦之尊号。盖三焦为原气之别使，而所止辄为原，犹言所至即谓之原也。十二经之原皆系于三焦，三焦之气所至，则原气随之而止，故曰所止辄为原。"滑寿强调三焦之气所到之处即为原穴，原气随三焦而行，二者不可分割。
徐灵胎《难经经释》："《灵枢》谓原穴在俞穴之外，而此则以俞为原，盖以俞为三焦所行之气留止处，故即以俞为原。然则《灵枢》之原，乃另有所指，非即俞也。盖《灵枢》以原穴为独立于五输穴之外的特定穴，而《难经》则以输穴（俞穴）直接充当原穴，两者体系不同。"徐灵胎指出了《难经》与《灵枢》在原穴理论上的关键差异。
张介宾《类经图翼》："心之原出于大陵者，以心不受邪，心包代其受，故心之病取大陵，乃治心包即所以治心也。少阴之原出于兑骨者，乃心经自病之所取也。"张介宾精准解释了本难中心经双重原穴的深层原理——大陵治心包代受之邪，兑骨治心经本经之病，二者各有专功。
杨玄操《难经注》："脐下肾间动气者，丹田也。丹田者，人之根本也，精神之所藏，五气之根源，十二经之根本。"杨玄操将肾间动气与丹田概念相联系，认为丹田是精气神的汇聚之所，进一步丰富了对原气本质的理解。
吕广《难经注》（较早注家）："三焦通行原气，以生于五脏六腑。原者，三焦之尊号也。五脏六腑之有病者，皆取其原穴，故曰原也。"吕广在三焦与原穴的关系上最早做出阐释，为后世注家奠定了基础。