曰：脏各有一耳，肾独有两者，何也？
然：肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也；男子以藏精，女子以系胞。故知肾有一也。
问：五脏各只有一个，唯独肾有两个，这是为什么呢？
答：肾虽然有两个，但不都是肾。左边的为肾，右边的为命门。命门是精神和精气所居住的地方，是人体原气所维系的地方；在男子，命门用以储藏精气；在女子，命门用以维系子宫。所以知道严格来说肾只有一个（命门另具特殊功能）。
此难以一设问开篇，直指五脏解剖与功能的基本矛盾：肝、心、脾、肺各有一脏，为何唯独肾有两枚？这一设问的深层含义在于，古人在解剖实践中已观察到肾有两枚的客观事实，但传统五脏理论体系要求每一脏对应统一的功能范畴。因此，《难经》作者借扁鹊之口，提出了这一重大的理论创新——将右侧之肾重新定义为"命门"，从而在保留五脏框架的前提下，赋予右肾以全新的生理功能内涵。
"命门"二字，字面意为"生命之门"。《难经》创造性地将右肾命名为命门，绝非简单的解剖命名，而是具有深远的生理哲学意涵。命门位于人体下焦，在两肾之中（后世发展），是人体先天之本的象征。"门"有出入通达之意，命门作为"生命之门"，意味着它是人体生命能量（原气）出入、运行的关键枢纽。
（1）"诸神精之所舍"——精神藏居之所
"神"指人体精神活动、意识思维，"精"指人体生命物质基础中最精微的部分。命门是神与精共同藏居之处，说明命门既是精神活动的根本，也是精微物质的储存处。这与心藏神、肾藏精的传统理论并非矛盾，而是说明命门作为"精神之根"的更深层功能——心所藏之神、肾所藏之精，其根本皆在命门。
（2）"原气之所系"——人体原气的根基
这是命门理论中最为核心的功能。原气（又称元气）是人体最根本的生命动力，源于先天，藏于命门，通过三焦布散全身，温煦脏腑百骸。《难经·八难》提出"肾间动气"为十二经之根本，与命门原气学说一脉相承。原气是人体生命的原动力，而命门正是这一原动力的策源地。
（3）"男子以藏精"——男子生殖之根本
命门在男子承担储藏生殖之精的功能。需要特别注意的是，此"精"已超越肾精的范畴，而直接关联到人的生殖繁衍能力和生命传承的物质基础。命门所藏之精，是人体最根本的遗传物质，决定了人的寿夭、强弱、盛衰。
（4）"女子以系胞"——女子胞宫之维系
命门在女子承担维系子宫（胞宫）的功能。子宫的孕育功能、月经的正常来潮、胎儿的稳固生长，皆依赖命门原气的温煦和维系。若命门火衰，女子可见宫寒不孕、月经不调、胎动不安等病症。
左肾右命门的理论并非单纯的解剖学发现，而是深受中国古代哲学阴阳学说的影响。左为阳、右为阴，但左肾却保留"肾水"之阴的属性（肾为水脏），右命门则具有"命门火"之阳的属性。这一看似矛盾实则精妙的设计，体现了中医"阴阳互根"、"水火既济"的深刻思想——肾水与命火，一阴一阳，一左一右，共同维系人体的生命活动。左肾主水藏精，右命门主火系原气，水火交融，阴阳和合，人体方能生生不息。
《难经》在多个篇章中提及命门、原气与三焦的密切关系。命门为原气之根，三焦为原气之别使——原气通过三焦通道布散全身。《难经·六十六难》云："脐下肾间动气者，人之生命也，十二经之根本也，故名曰原。三焦者，原气之别使也，主通行三气，经历于五脏六腑。"可见命门（肾间动气）、原气、三焦三者构成了人体生命能量的产生、储存与输布系统，是中医"气化"理论的核心。
自《难经》提出左肾右命门理论后，历代医家多有阐发。王叔和《脉经》基本沿袭《难经》之说。至金元时期，李东垣在《脾胃论》中虽以脾胃为中心，但也重视命门原气的作用。然而，命门理论的大发展，要到明代温补学派才真正展开。
赵献可《医贯》："命门为十二经之主，肾无此则无以作强而技巧不出矣；膀胱无此则三焦之气不化而水道不行矣；脾胃无此则不能蒸腐水谷而五味不出矣；肝胆无此则将军无决断而谋虑不出矣；大小肠无此则变化不行而二便闭矣；心无此则神明昏而万事不能应矣。"
赵献可是明代命门学说的集大成者。他在《医贯》中力倡"命门君主说"，认为命门在人体的地位如同"太极"在宇宙中的地位。他提出命门位于"两肾之中"而非右肾（超越了《难经》左肾右命的原始定位），命门之火为人身至宝，主张养生治病皆以保养命门之火为第一要义。
张介宾《景岳全书》："命门为元气之根，为水火之宅。五脏之阴气，非此不能滋；五脏之阳气，非此不能发。"
张介宾（张景岳）在《景岳全书》中全面发挥了命门学说。他提出"命门为水火之宅"的重要观点，认为命门不仅有火（阳），也有水（阴），是水火共同居住的地方。这一发展使得命门理论更加完备——命门不再是单纯的"火"，而是阴阳互根、水火共济的生命之本。张介宾据此创制了右归丸、左归丸等著名方剂，分别温补命门之火和滋养命门之水，成为温补学派的重要代表方。
孙一奎在《医旨绪余》中提出"命门乃肾间动气"的观点，强调命门是"无形之动气"而非有形之脏器。他认为两肾之间是命门所在，命门是人体生生不息之机，非水非火，乃造化之枢纽、阴阳之根蒂。
清代医家在明代基础上继续深化命门理论。叶天士在温病学中重视维护下焦肝肾真阴，实际上蕴含了保命门之精气的重要思想。近代以来，命门学说与内分泌学、神经-免疫调节网络等现代医学理论相互印证，不少学者认为命门的功能涵盖了肾上腺、性腺、下丘脑-垂体-靶腺轴等系统，具有重要的跨学科研究价值。
命门理论在中医临床中有极为广泛的应用，尤其是对于慢性疾病、老年病、虚损性疾病的治疗具有重要指导意义。
命门火衰是临床常见的证候类型，主要表现为：畏寒肢冷、腰膝酸软、精神萎靡、面色晄白或黧黑、小便清长或不利、夜尿频多、五更泄泻、阳痿早泄、宫寒不孕、舌淡胖苔白滑、脉沉迟无力等。治以温补命门之火，代表方剂为右归丸、金匮肾气丸、四神丸等。
命门不仅藏火，也藏水（张介宾观点）。命门水亏表现为：腰膝酸软、头晕耳鸣、盗汗遗精、消渴口干、五心烦热、舌红少苔、脉细数等。治以滋养命门之水，代表方剂为左归丸、六味地黄丸等。
女子以系胞，命门与胞宫关系密切。命门火衰可导致：宫寒不孕、月经后期、痛经、闭经、带下清稀、滑胎、产后腹痛等。临床常选用艾附暖宫丸、温经汤、右归丸加减，配合艾灸关元、命门、肾俞等穴位。
男子以藏精，命门与生殖功能直接相关。命门不足可见：阳痿、早泄、遗精、少精弱精、不育等。治疗以温补命门为根本大法，代表方为右归丸、赞育丹、五子衍宗丸等。
肾主纳气，命门原气为呼吸之根本。命门火衰、肾不纳气可见：久咳虚喘、动则气喘、呼多吸少、气不得续。治疗以温肾纳气为法，代表方为人参蛤蚧散、肾气丸合参赭镇气汤等。
《难经本义》（滑寿）："肾之有两，左为肾，右为命门。命门，男子藏精，女子系胞，其气与肾通。故云脏各有一耳，肾独有两者，以左为肾、右为命门，非皆肾也。"
《难经集注》（王九思等辑）：引吕广曰："肾有两枚，左者为肾，右者为命门。命门者，精神之所舍，元气之所系也。男子藏精，女子系胞，故知肾有一也。"
《难经经释》（徐灵胎）："此篇论肾有两而命门居其一。命门为精神元气之根，男子以藏精，女子以系胞，《内经》未发之义，至扁鹊而始明。"
《医贯》（赵献可）："命门即在两肾各一寸五分之间，当一身之中。《易》谓'一阳陷于二阴之中'，《内经》曰'七节之旁有小心'是也。名曰命门，是为真君真主。"
《景岳全书》（张介宾）："命门者，总乎阴阳，而阴阳之根皆在于此。命门为化生之源，得先天之气，为后天之根基。"
《医宗金鉴》（吴谦等）："左肾右命门非谓有形之两肾，乃指肾之功能有阴阳水火之别。左为阴水，右为阳火，阴阳互根，不可偏废。"
现代医学研究认为，命门的功能与下丘脑-垂体-肾上腺轴、下丘脑-垂体-性腺轴密切相关。命门所藏的"原气"类似于人体的神经-内分泌-免疫网络的调控功能。"命门火衰"的临床表现与肾上腺皮质功能减退、性腺功能减退、甲状腺功能减退等内分泌疾病高度一致。
有学者从现代生命科学角度提出，命门所藏的"精"和"原气"与干细胞的自我更新、多向分化潜能具有相似性。命门作为人体"生气之源"，类似于干细胞池（stem cell niche）的概念，为机体提供不断更新修复的基础。
命门学说体现了中医"重功能、轻解剖"的独特思维方式。《难经》在观察到肾有两枚的解剖事实后，并没有简单地将其归为"一个功能单位"，而是创造性地将其区分出"肾"与"命门"两个功能概念。这启示我们：中医对生命的理解始终以功能系统为核心，解剖结构服务于功能分类，而非相反。
以下辑录历代重要医家对命门学说的核心论述，以便学者系统掌握命门理论的发展脉络：
战国-秦汉（奠基期）：《难经》首倡"左肾右命门"说，奠定命门理论的基本框架，提出命门藏精神、系原气、男子藏精、女子系胞四大功能。
晋-唐（传承期）：王叔和《脉经》、孙思邈《千金方》沿袭《难经》之说，将命门纳入脏腑辨证体系。
宋-金元（酝酿期）：李东垣重视原气，但未系统发挥命门理论；刘完素、张从正等较少论及。
明（鼎盛期）：赵献可创"命门君主说"，张介宾倡"命门水火之宅"，孙一奎主"命门肾间动气"，命门学说达到高峰。
清-现代（应用期）：命门理论全面融入临床各科，成为中医理论不可分割的核心组成部分。